审计处是学校设立的负责全校内部审计工作的职能部门，在学校党政领导下，依法独立开展内部审计工作，由校长分管，接受江苏省教育厅内审机构和地方审计机关的业务指导。审计处主要职责是依据国家法律、法规和学校规章制度，对学校及其所属单位的财务收支及有关经济活动的真实性、合法性和效益性实施监督、评价和风险控制建议，充分发挥“免疫系统”功能，努力为学校领导和相关部门提供多角度、多层次的增值服务。

 审计处前身是成立于1990年的审计室，1997年成立审计处，2003年改为审计法规处，2019年改为审计处。内设财务审计科和工程审计科，现有审计人员6人，其中高级职称3人。